Спасский собор находится на территории Спасо- Преображенского монастыря и построен на месте древнего собора 1216-1224 г. г. В Никоновской летописи под 1216 годом записано: " князь Константин заложил в Ярославле каменную церковь и монастырь святого Преображения". Освящен собор был 6 августа 1224 года епископом Кириллом. Храм XIII века рухнул во время пожара 1501 года.
Мастера для строительства собора были присланы из Москвы, предполагается участие итальянских зодчих, из числа тех, кто возводил соборы Московского Кремля.
Ныне существующий собор был возведен на старом месте при великом князе Василии III, который, видимо, прислал и мастеров.
В подклете Спасского собора находилась усыпальница ярославских удельных князей, а монастырь был духовным наставником во всех делах княжеского дома. С собором связаны многие знаменательные события не только города, но и страны.
В 1612 году ополчение Дмитрия Пожарского и Козьмы Минина освятив здесь знамена вышло на освобождение Москвы.
В книгохранительнице собора находился знаменитый список шедевра древнерусской литературы "Слово о полку Игореве", уникальное Спасское Евангелие начала XIII века, особо чтимые иконы "Ярославская Оранта" XIII века и "Преображение " и "Одигитрия" XVI века.
Спасский монастырь всегда пользовался особенным покровительством великокняжеского, а позднее царского Московского Дома. В подклете собора в XV веке были обретены нетленные и чудотворные мощи ярославских князей Федора Черного и его сыновей Давида и Константина. С XVI века они являются одной из главных святынь Ярославской земли. Изображения святых ярославских князей можно встретить на иконах и в стенописях всех соборах Московского Кремля.