Церковь Ильи Пророка — четырёхстолпный многообъёмный храм с самостоятельными шатровым и купольным приделами и шатровой колокольней, объединёнными галереей. Роспись содержит много бытовых сцен. Внутреннее убранство храма дополняют золочёный резной иконостас с коллекцией древнейших икон, расписные порталы и изразцовыйфриз, богатая церковная утварь. На фронтоне западного крыльца помещена живописная композиция «Распятие», которую обновляли при каждом ремонте.
Храм стоит на высоком подклете. Первоначально он был перекрыт по закомарам. Зелёные главы увенчаны золотыми крестами, из которых особенного внимания заслуживает крест центральной главы. Вместе с нарядным подзором из позолоченного железа, идущим по всему карнизу, этот крест — выдающееся произведение ярославских ковалей XVII века. Храм весь обстроен галереями и приделами. Особенно интересная галерея, соединяющая колокольню от придела Положения риз и включающая в себя западное крыло, сейчас — единственный вход в здание. Главки колокольни и приделов покрыты черепицей, изготовленной по старинным образцам и рецептам в мастерской ярославского керамиста-реставратора А. А. Егорова.
Всего приделов в храме три: Ризоположенский (в честь хранившейся там реликвии — частицы Ризы Господней), Покровский (в честь православного праздника Покрова) и Гурия, Самона и Авива (эфесских мучеников, считавшихся покровителями семейного очага).